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我々の世界とは分岐した、実際には起こらなかった歴史を歩んだもう一つの1960年が舞台。
飛行機事故で偶然生き残った主人公ジャックが、海底に築かれた都市ラプチャーを探検し、過去を明らかにしていく。

1946年11月5日、科学者アンドリュー・ライアンは大西洋中央に海底火山を原動力として完全に自立する水中都市を建設し、“携挙”を意味する「ラプチャー」と名付けた。
建設の目的は科学者や芸術家、エンジニアといった人々に対して才能を発揮できる最先端の環境と、宗教や政府による規制に縛られない自由を与えることで今までに無かった成果を出してもらうというものだった。
そのため、「ラプチャー」は冷戦時代の科学者らの逃げ場であり、自由気ままな生活を送れる場“ユートピア・シティ”でもあった。

科学者の中には遺伝子工学を研究する者もおり、中でもブリジット・テネンバウムという女性科学者がウミウシの一種から「アダム」という、人間の能力を飛躍的に変化させる物質を抽出することに成功する。
しかし、「アダム」に関する研究競争によって主な二つのグループ間で武力さえも行使する抗争が勃発。
遂にはそれぞれのチームが「アダム」によって自らの体を改造するようになる。だが、過度な人体改造の副作用でほとんどの人々は人間としての精神を失うこととなり、最終的に「ラプチャー」はかつて人間だったモンスターが生き延びるための殺し合いを繰り返す場所と化し、荒廃した都市は至る箇所で漏水や水圧による破損が広がり、全体が陥没するのも時間の問題となっていた。

1960年、主人公ジャックは、大西洋上を飛行する旅客機の機内で家族の写真や「Would you kindly not open until…（恐縮だが…まで開けないでほしい）」と書かれたプレゼントをながめていた。
その後、何らかの原因により旅客機は大西洋へ墜落し大破、炎上する。
幸運にも生き延びたジャックは近くにあった灯台にたどり着く。そこには球形の潜水艇が置かれており、それに乗り込んだ彼は荒廃した都市「ラプチャー」へと行き着いてしまう。
早々にして都市の狂気に満ちた世界を垣間見る彼に、ラジオを通じてアトラスという男が語りかけてきた。狂気に満ち溢れた都市での生き残りをかけた戦いが始まる。